利率市場化可以有效的引導競爭，更好的配置社會財富，但是任何事務有利必有弊，都是雙面性的。其中利率市場化會增加商業銀行利率風險就是其弊端之一。

利率風險是指市場利率變動的不確定性給商業銀行造成損失的可能性，利率風險的產生取決于兩個條件：1、市場利率發生波動；2、銀行的資產和負債期限匹配不一致。

比如貨幣緊縮，導致市場利率上行，而央行利率不變，那么如房貸之類的貸款利率就不變，這就存在利率風險，可能存款利率高過貸款利率。同理，貨幣通脹會導致市場利率下行，而央行利率不變，那么由于競爭的存在，諸如房貸之類的貸款往往出現打折情況，而往后一旦利率上行，存款利率可能高過貸款利率，則存在利率風險。

貸款通常以央行利率掛鉤，比如房貸，雖然上浮利率和打折利率的比例不變，但還貸卻隨央行基準利率變化而變化，且周期非常長，可長達30年。而利率市場化，商業銀行的存款利率隨市場變化而變化，期限較短，最長的也不過是五年存款。五年和30年存在一個時間差，可能用五年的高存款利率去補充30年的低貸款利率，特別是商業銀行在貨幣通脹時對貸款進行打折。