二者的區別在于：

一、保證金存款是一種質押擔保方式，而普通存款則沒有擔保。

根據最高法的司法解釋，保證金存款屬于質押擔保，占有人是銀行，出質人不得隨意動用；而普通存款的占有人是存款人，存款人有權自由支配。

二、法院執行規定不同。

在法院執行時，對于出質人保證金賬戶中的存款，可以凍結但不能劃扣。如果保證金有對應的銀票、信用證等擔保，也不能凍結。必須等到其質押解除后，方能劃扣。而存款人普通賬戶上的存款，法院可以直接執行劃扣。

三、存款利率不同。

由于有質押屬性，銀行會專門制定保證金存款利率，這個利率通常低于銀行正常的對外掛牌利率；普通存款則按對外掛牌價執行。

四、轉出憑證不同。

保證金存款轉出，不需要客戶發出指令，而是憑銀行內部的聯系單；普通賬戶對外轉出，需要客戶下達指令，并提供相關銀行憑證。