從2020年5月1日《保障農民工工資支付條例》正式實施，也就是說之后的農民工工資要按照條例規定執行，條例是行政法律法規，也就是說農民工工資如何處理考慮的不僅僅是稅務方面的問題。
條例主要內容
條例的最重要變化就是建設單位和施工總承包方簽訂合同后，工程款撥付時，人工費部分要撥付到總承包方開設的農民工工資專用賬戶用于發放整個項目的農民工工資。
而總包方和專業分包方、勞務分包方簽分包合同后，推行總包方代分包方發放農民工工資，分包方提供農民工工資表和清單。
也就是說，整個工程項目在總承包方簽訂合同后，人工費部分和工程款其他部分資金運行是分別運行的，人工費部分專款專用，建設方撥付總包方工程款時，人工費部分直接撥付到總包方農民工工資專用賬戶，用來發放農民工工資，工程結束剩余部分再轉給分包方對公賬戶。
總包方和分包方簽分包合同后，推行總包方代發分包方農民工工資制，總包方撥付分包款時，人工費暫不撥付，分包方農民工工資分包方編制工資發放表和清單，總包方直接從人工費部分把工資打到農民工個人的銀行工資卡，人工費剩余部分再轉給分包方對公賬戶。
此外:
條例第二十八條:施工總承包單位或者分包單位應當依法與所招用的農民工訂立勞動合同并進行用工實名登記，具備條件的行業應當通過相應的管理服務信息平臺進行用工實名登記、管理。未與施工總承包單位或者分包單位訂立勞動合同并進行用工實名登記的人員，不得進入項目現場施工。
《條例》第二十四條規定:“建設單位應當向施工單位提供工程款支付擔保。”
而且條例規定了比較完善的拖欠農民工工資清償制度。
分包方農民工工資的處理
根據條例，農民工工資的發放現在是明朗透明的，實名制和勞動合同的規定，無論總承包方、專業分包還是勞務分包方，操作空間很小，特別是勞務分包方，將純勞務再承包給包工頭，如果包工頭欠農民工工資，由于包工頭沒有用人主體資格，分包方會面臨清償的風險。
題主問題想合理合法的處理農民工工資，既不想交社保，又不要去稅務機關代開發票，可以考慮兩種用工模式:
⑴勞務派遣:勞務派遣用工是合法的，但有用工人數限制，這樣稅前扣除憑勞務派遣發票即可，如果是一般納稅人，一般可以獲得差額開具的增值稅專用發票抵扣進項。
⑵部分農民工簽非全日制用工勞動合同。非全日制用工可以不用繳納社保，如果想按非全日制用工簽合同，建議先把具體規定學習清楚，避免風險。這樣工資可以憑工資發放表和清單稅前扣除。